Biopython có khác với Python không? ✅ Đã Test

Copy

Thủ Thuật Hướng dẫn Biopython có khác với Python không? 2022

Hoàng Hải Minh đang tìm kiếm từ khóa Biopython có khác với Python không? được Update vào lúc : 2022-12-16 23:25:10 . Với phương châm chia sẻ Thủ Thuật về trong nội dung bài viết một cách Chi Tiết 2022. Nếu sau khi đọc tài liệu vẫn ko hiểu thì hoàn toàn có thể lại phản hồi ở cuối bài để Admin lý giải và hướng dẫn lại nha.

Hội thảo này giả định kiến thức thao tác về ngôn từ lập trình Python và hiểu biết cơ bản về những khái niệm về kho tàng trữ trình tự DNA và Protein trực tuyến

Nội dung chính Show

gián điệpCài đặt gói BiopythonKiểm tra setup BiopythonTruy cập Cơ sở tài liệu Entrez của NCBITruy xuất Bản ghi Protein từ Cơ sở tài liệu ExPASyĐối tượng chuỗiXử lý bản ghi trình tựThao tác tệp tuần tựAlignIO. Đọc tệp chỉnh sửa trình tựPython và Biopython có giống nhau không?Biopython dùng để làm gì?Biopython có sử dụng NumPy không?Ai đã tạo ra Biopython?

Giới thiệu về Python hoàn toàn có thể được tìm thấy ở đây và ở đây

Bắt đầu

Ví dụ mã Python

Có thể tải xuống tập lệnh Python và tệp tài liệu cho hội thảo chiến lược này tại đây. Trên máy tính của bạn, giải nén thư mục đã tải xuống và sử dụng nó làm thư mục thao tác cho hội thảo chiến lược này

Môi trường lập trình Python

Môi trường Anaconda từ Anaconda Inc. được sử dụng rộng rãi vì nó tích hợp trình thông dịch Python, hầu hết những gói phổ biến và môi trường tự nhiên thiên nhiên phát triển. Nó là nền tảng chéo và có sẵn miễn phí. Có hai phiên bản Python hơi không tương thích; . 7 không được dùng nữa nhưng vẫn được sử dụng khá rộng rãi. Phiên bản 3 là phiên bản được tương hỗ

Ghi chú. Phiên bản gói Biopython tiên tiến nhất (1. 77+) yêu cầu Python 3

Truy cập trang web tải xuống Anaconda và tải xuống trình setup cho Python 3 cho hệ điều hành của bạn (Windows, Mac OSX hoặc Linux). Chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng trình setup đồ họa để dễ sử dụng

Khởi chạy trình setup đã tải xuống, tuân theo lời nhắc trên màn hình hiển thị và setup bản phân phối Anaconda trên ổ cứng cục bộ của bạn

Tài liệu Anaconda đáp ứng phần ra mắt về môi trường tự nhiên thiên nhiên Anaconda và những ứng dụng đi kèm. Với mục tiêu của hội thảo chiến lược này, chúng tôi tập trung vào

Hoa tiêu

Khi bạn đã setup Anaconda, hãy khởi động ứng dụng Bộ điều hướng

Hướng dẫn cho WindowsHướng dẫn cho MacHướng dẫn cho Linux

Bạn sẽ thấy một không khí thao tác tương tự như ảnh chụp màn hình hiển thị, với một số trong những tùy chọn cho môi trường tự nhiên thiên nhiên thao tác, một số trong những tùy chọn không được setup. Chúng tôi sẽ sử dụng

gián điệp

Bây giờ tất cả chúng ta sẽ chuyển sang Spyder. Spyder là một Môi trường Phát triển Tích hợp, hay IDE, nhằm mục đích vào Python. Nó rất phù hợp để phát triển những chương trình dài hơn thế nữa, nhiều mô-đun hơn

Để khởi đầu, hãy quay lại Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 4 và nhấp vào ô Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 5. Có thể mất một lúc để mở (xem phía dưới bên trái của Bộ điều hướng)Sau khi khởi đầu, bạn sẽ thấy một bố cục có ngăn trình sửa đổi ở bên trái, ngăn trình mày mò ở trên cùng bên phải và bảng điều khiển iPython ở phía dưới bên phải. Sự sắp xếp này hoàn toàn có thể được tùy chỉnh nhưng chúng tôi sẽ sử dụng sự sắp xếp mặc định cho những ví dụ của chúng tôi. Nhập mã vào trình sửa đổi. Cửa sổ thám hiểm hoàn toàn có thể hiển thị những tệp, giá trị biến và thông tin hữu ích khác. Bảng điều khiển iPython là giao diện người tiêu dùng cho chính trình thông dịch Python. Nó hoàn toàn có thể so sánh với một ô trong JupyterLab

Cài đặt gói Biopython

Bạn nên setup gói

Trên máy tính của riêng bạn. Bắt đầu công cụ dòng lệnh

Khởi động Dấu nhắc Anaconda trên WindowsBắt đầu Anaconda Prompt trên Mac hoặc mở hiên chạy cửa số đầu cuốiLinux. Chỉ cần mở một hiên chạy cửa số đầu cuối

Tại dấu nhắc, nhập lệnh sau và nhấn enter/return

________số 8

Lệnh này sẽ setup phiên bản gói biopython tiên tiến nhất trong môi trường tự nhiên thiên nhiên Anaconda Python hiện tại của bạn

Trên Rivanna (nền tảng HPC của UVA)

Rivanna đáp ứng một số trong những bản phân phối Anaconda với những phiên bản Python rất khác nhau. Trước khi sử dụng Python, bạn cần tải một trong những mô-đun phần mềm

# fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 2 rồi chạy lệnh # fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 0Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 1

Ghi chú. Bạn phải sử dụng cờ

# fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 4 hướng dẫn trình thông dịch setup gói trong thư mục chính của bạn. Ngoài ra, trước tiên hãy tạo môi trường tự nhiên thiên nhiên Conda tùy chỉnh của riêng bạn và chạy lệnh # fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 5 trong môi trường tự nhiên thiên nhiên đó (không còn cờ # fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 4)

Kiểm tra setup Biopython

Bắt đầu Spyder IDE (xem tại đây). Trong ngăn

# fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 7, nhập lệnh sau và nhấn # fetch records using id list handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="fasta", retmode="text", id=record["IdList"]) result = handle.read() # return type is simple string handle.close() # remove empty lines fastaseq = result.replace("nn","n") with open('HsPax6-protein.fasta', 'w') as f: f.write(fastaseq) 8Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 7

Nếu gói được setup đúng chuẩn, đầu ra sẽ hiển thị số phiên bản biopython

Các gói và lớp sinh học

Gói

Bảng sau đây đã cho tất cả chúng ta biết một đoạn trích của list đó có liên quan đến hội thảo chiến lược này

Gói con/LớpPurposeBio. EntrezCác hiệu suất cao truy xuất bản ghi Entrez và tài liệu liên quanBio. ExPASyTools để truy cập tài liệu được tàng trữ trên cơ sở tài liệu protein ExPASyBio. SwissProtTools để thao tác với sprotXX. dat từ SwissProtBio. Cấu trúc tài liệu Seq Sequence (không bao giờ thay đổi=chỉ đọc)Bio. Cấu trúc tài liệu Trình tự Seq hoàn toàn có thể thay đổi (không bao giờ thay đổi=hoàn toàn có thể sửa đổi Bio. SeqRecordDatastucture cho đối tượng Seq cộng với thông tin phong phúBio. Trình tự đọc/ghi SeqIO (những định dạng tệp rất khác nhau)Bio. AlignIOA giao diện Alignment Input/Output nhiều trình tự mới cho BioPython 1. 46 trở lênSinh học. Căn chỉnh. MultipleSeqAlignmentTools cho Mã để thao tác với sự sắp xếp trình tựBộ tài liệu và cơ sở tài liệu trực tuyến

Mô-đun

NHANH CHÓNGĐầu ra vụ nổ – cả từ vụ nổ độc lập và WWWClustalwNgân hàng genPubMed và MedlineCác tệp ExPASy, như Enzyme và PrositeSCOP, gồm có những tệp 'dom' và 'lin'UniGeneProt Thụy Sĩ

Trong hội thảo chiến lược này, tất cả chúng ta sẽ mày mò những tùy chọn để tải xuống trình tự nucleotide và protein từ Entrez và ExPASy

Truy cập Cơ sở tài liệu Entrez của NCBI

Mô-đun con

Ghi chú. Vui lòng xem lại Giới thiệu chung về Tiện ích điện tử để truy cập Chương trình giao diện lập trình ứng dụng Entrez. Tiện ích điện tử số lượng giới hạn tần suất gọi API và địa chỉ IP của bạn hoàn toàn có thể bị chặn nếu bạn liên tục vượt quá số lượng giới hạn

Các bước cơ bản

Cung cấp địa chỉ email. Điều này là bắt buộc. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 02Sử dụng tiện ích điện tử để xử lý tài liệu quan tâm, e. g. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 03Sử dụng tay cầm để đọc hoặc phân tích tài liệu bằng Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 04 hoặc Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 05Đóng tay cầm bằng Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 06

Cũng đọc “Tay cầm là cái quái gì vậy?”

Tìm bản ghi cơ sở tài liệu

Hãy tìm những bản ghi protein liên quan đến gen Pax6 của con người và tải xuống những trình tự liên quan ở định dạng FASTA

Để tìm kiếm trong cơ sở tài liệu tất cả chúng ta sử dụng hàm

Đoạn mã sau có sẵn trong enrez-fasta. tập tin py

Kết quả tìm tìm được trả về dưới dạng từ điển và chúng tôi hoàn toàn có thể truy xuất list những ID duy nhất phù phù phù hợp với truy vấn của tớ qua

Ghi chú. Theo mặc định,

Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 11 được trả về bởi Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 12 được số lượng giới hạn ở 20 lần truy cập số 1 (được xác định bởi Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 13). Có hai cách giải quyếtSử dụng đối số từ khóa Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 14 để tăng số lượng bản ghi được truy xuất tối đa. Vấn đề là bạn nên phải biết số lượng hợp lý là bao nhiêuHoặc tốt hơn, hãy sử dụng đối số từ khóa Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 15. Thao tác này sẽ lưu kết quả tìm kiếm trên sever từ xa và đáp ứng những mục nhập Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 16 và Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 17 hoàn toàn có thể được sử dụng với hàm Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 18 (xem phần tiếp theo) để truy xuất tất cả những bản ghi tìm kiếm (ngoài 20 mục số 1)

Theo mặc định, ID được trả về phản ánh số GI. việc gia nhập. thay vào đó, số phiên bản hoàn toàn có thể được truy xuất bằng phương pháp chuyển

Tải xuống và lưu những chuỗi dưới dạng tệp FASTA

Với list ID trong tay, giờ đây chúng tôi hoàn toàn có thể tải xuống những bản ghi trình tự chỉ bằng một vài dòng mã và lưu chúng trong một tệp FASTA nhiều trình tự. Hàm

Ngoài ra, tất cả chúng ta hoàn toàn có thể kéo từng chuỗi riêng lẻ và lưu từng chuỗi vào một tệp riêng. Để làm điều này, chúng tôi triển khai vòng lặp for lặp qua list này và sử dụng hàm

Hãy truy xuất trình tự nucleotide của 5 lần truy cập ID số 1 trước đây của chúng tôi dưới dạng tệp GenBank. Chúng tôi chỉ định cơ sở tài liệu với

Mã được đáp ứng trong enrez-genbank. tập tin py

Lưu ý rằng

Tập thể dục. Tìm và tải xuống 10 trình tự nucleotide FASTA EST số 1 cho thuốc ức chế khối u TP53 của chuột (Mus Musculus). Dấu. tra cứu bộ mô tả cơ sở tài liệu EST trong bảng này

Giải pháp. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 4

Truy xuất Bản ghi Protein từ Cơ sở tài liệu ExPASy

Dưới đây là một số trong những ví dụ minh họa cách truy cập cơ sở tài liệu ExPASy Swissport và Prosite. Tài liệu Biopython đáp ứng thêm rõ ràng

Swiss-Prot

____110Đầu ra. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 11

Kiểu trả về của

Mẹo. Sử dụng

Prosite

____112Đầu ra. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 13

Kiểu trả về của

Tài liệu Prosite

Tập thể dục. Truy xuất bản ghi SwissProt cho những protein có ID sau. “O23729”, “O23730”, “O23731”. Cố gắng sử dụng kĩ năng hiểu list để tạo list chứa những bản ghi cho tất cả những protein đã truy xuất

SolutionCount 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 15

Tìm hiểu thêm về SwissProt.

QuétProsite

Chúng tôi hoàn toàn có thể truy vấn cơ sở tài liệu Prosite bằng những chuỗi hoặc họa tiết protein để tìm những protein có kết quả khớp tương ứng, xem ScanProsite để biết rõ ràng

lựa chọn một. Gửi trình tự protein (sử dụng đối số từ khóa

Các phần tương hỗ update UniProtKB e. g. P98073định danh e. g. ENTK_HUMANđịnh danh PDB e. g. 4DGJTrình tự ở định dạng FASTA

Lựa chọn 2. Gửi chuỗi mô típ (sử dụng đối số từ khóa

PROSITE gia nhập e. g. PS50240định danh e. g. TRYPSIN_DOMmẫu của riêng bạn e. g. P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]Sự phối hợp của những họa tiết cũng hoàn toàn có thể được sử dụngCount 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 16

Bằng cách thực thi

Bây giờ tất cả chúng ta hoàn toàn có thể truy cập những trận đấu được tìm thấy như vậy này

____117Đầu ra. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 18

Bạn thấy rằng mỗi mục

Đối tượng chuỗi

Đối tượng

Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 101, Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 102Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 103, Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 104Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 105, Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 106Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 107

Các ví dụ mã sau đây nằm trong seq. tập lệnh py

____119Đầu ra. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 70

Lưu ý trả về của

Giống như Chuỗi, đối tượng Seq là không bao giờ thay đổi; . Tuy nhiên, bạn hoàn toàn có thể quy đổi đối tượng

Lưu ý rằng trình tự không được lập chỉ mục. nucleotide đầu tiên có chỉ số 0, nucleotide thứ hai có chỉ số 1, v.v. Vì vậy, trong ví dụ này, chúng tôi đang thay đổi nucleotide thứ ba (chỉ số 2, G->A).

Tập thể dục. Tạo một đối tượng

Xử lý bản ghi trình tự

Lớp SeqRecord đáp ứng những trường sau

Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 113. một chuỗi (dưới dạng đối tượng Seq)Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 114. định danh, e. g. một số trong những gia nhập (Chuỗi)Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 115. hoàn toàn có thể chỉ là số gia nhập hoặc tên quỹ tích (Chuỗi)Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 116. tự lý giải (Chuỗi)Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 117. từ điển thông tin tương hỗ update thường không còn cấu trúc (tùy chọn)Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 118. thường được sử dụng cho điểm chất lượng hoặc thông tin cấu trúc thứ cấpCount 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 119. list những đối tượng SeqFeature; . g. vị trí gen trong bộ gen hoặc vị trí miền trong proteinCount 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 120. list tham chiếu chéo cơ sở tài liệu

Vì vậy, nó được sử dụng để xung quanh một đối tượng Seq với thông tin phong phú hơn. Chúng ta hoàn toàn có thể tự tạo một đối tượng

Ví dụ mã trên nằm trong seqrecord. tập lệnh py

Đầu ra. Count 88 RetMax 20 RetStart 0 QueryKey 1 WebEnv MCID_5f87b7433f6876111801786c IdList ['1587062735', '1587062729', '1587062727', '1587062721', '1587062719', '1587062717', '1587062715', '1587062713', '1587062710', '1587062708', '1587062706', '1587062703', '1587062701', '1587062699', '1587062697', '1587062695', '1587062690', '1587062688', '1587062686', '1587062684'] TranslationSet ['From': 'Homo sapiens[Orgn]', 'To': '"Homo sapiens"[Organism]'] TranslationStack ['Term': '"Homo sapiens"[Organism]', 'Field': 'Organism', 'Count': '1423829', 'Explode': 'Y', 'Term': 'pax6[Gene]', 'Field': 'Gene', 'Count': '2621', 'Explode': 'N', 'AND'] QueryTranslation "Homo sapiens"[Organism] AND pax6[Gene] 77

Thao tác tệp tuần tự

sinh học. Lớp SeqIO đáp ứng những công cụ đơn giản để đọc và ghi nhiều định dạng tệp trình tự (gồm có nhiều sắp xếp trình tự). Nó hoạt động và sinh hoạt giải trí độc quyền trên những đối tượng SeqRecord

Đọc tệp Fasta

Tập thể dục. Lọc list những bản ghi để chỉ gồm có những chuỗi có ít hơn 300 axit amin

Chuyển Genbank sang tệp Fasta

Các phiên bản sau của Biopython cũng gồm có hiệu suất cao

AlignIO. Đọc tệp chỉnh sửa trình tự

sinh học. Lớp AlignIO đáp ứng những hiệu suất cao để xử lý những tệp chỉnh sửa theo trình tự được ghép nối hoặc nhiều. Nó không thực hiện chỉnh sửa nhưng đáp ứng những công cụ để đọc/ghi tệp chỉnh sửa và thao tác với những đối tượng chỉnh sửa.

Các hiệu suất cao đó đó là

Thí dụ

Hãy tạo một tệp Fasta với những chỉnh hình Pax6 từ con người, chuột, xenopus, cá nóc, cá ngựa vằn (2) và ruồi giấm. Ví dụ mã sau nằm trong tệp createPax6_fasta. tập lệnh py

Thao tác này sẽ tạo tệp Fasta

Python và Biopython có giống nhau không?

Một đối tượng Biopython Seq tương tự như một chuỗi Python ở nhiều khía cạnh . nó tương hỗ ký hiệu lát Python, hoàn toàn có thể được nối với những chuỗi khác và không thay đổi. Ngoài ra, nó gồm có những phương pháp rõ ràng theo trình tự và chỉ định bảng vần âm sinh học rõ ràng được sử dụng.

Biopython dùng để làm gì?

Biopython là một giao diện lập trình ứng dụng (API) mã nguồn mở lớn được sử dụng trong cả phát triển phần mềm tin sinh học và trong những tập lệnh hằng ngày cho những tác vụ tin sinh học phổ biến . Trang chủ www. trăn sinh học. org đáp ứng quyền truy cập vào mã nguồn, tài liệu và list gửi thư.

Biopython có sử dụng NumPy không?

Bản phát hành cũ. Các bản phát hành mới gần đây của Biopython yêu cầu NumPy (chứ không phải Numeric).

Ai đã tạo ra Biopython?

Logo “Biopython” mới với những con rắn màu vàng và màu xanh lam tạo thành một chuỗi xoắn kép do Patrick Kunzmann tạo ra vào năm 2022 và lần đầu tiên được sử dụng trong bản phát hành Biopython 1. 70Tải thêm tài liệu liên quan đến nội dung bài viết Biopython có khác với Python không? programming python

Video Biopython có khác với Python không? ?

Bạn vừa Read tài liệu Với Một số hướng dẫn một cách rõ ràng hơn về Clip Biopython có khác với Python không? tiên tiến nhất

Share Link Download Biopython có khác với Python không? miễn phí

Heros đang tìm một số trong những Chia Sẻ Link Down Biopython có khác với Python không? miễn phí.

Hỏi đáp thắc mắc về Biopython có khác với Python không?

Nếu sau khi đọc nội dung bài viết Biopython có khác với Python không? vẫn chưa hiểu thì hoàn toàn có thể lại Comments ở cuối bài để Mình lý giải và hướng dẫn lại nha #Biopython #có #khác #với #Python #không - 2022-12-16 23:25:10

Kế Toán.VN News - Tổng hợp tình huống kế toán

Table of Content